 | 石炭遺伝子木の確率を計算するための小型ツール |
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石炭 ランキングとまとめ
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石炭 説明
石炭プログラムは、遺伝子木の確率を計算し、そして合体モデルの下で種の木の遺伝子樹木をシミュレートするための小さなツールであるように開発されました。 主な特徴： は、合体単位で指定された分岐長を有する固定種の木（二倍体集団のための有効人口サイズで割った世代の数）を有する固定種のツリーの確率を計算する。 両木は分岐していると見なされますが、種の木の枝の長さはこれを回避するためにゼロに設定することができます。 種でサンプリングされた複数（またはゼロ）個人は許可されていますが、表記は特定です。個人用のラベルは、種の名前の後にハイフン、次に数字であるべきです。たとえば、Aが種の名前である場合、Aからサンプリングされた遺伝子をA-1、A-2などと呼ぶ必要があります。 Ne Newick形式の種の木の種の木の種類の3つの入力ファイルがあります。遺伝子ツリーファイル、遺伝子ツリーがニュイック形式で。種類と遺伝子ツリーファイルの名前、分類の数、および出力のオプションなどのコマンドを含む入力ファイル。 出力オプションは、合体履歴をリストすることができないかどうかを許可します。もしそうであれば、遺伝子木の確率のための象徴的な式は、P_ {UV}の用語（紙を参照）に関して与えることができる。他の選択肢は、遺伝子ツリートポロジーの印刷、各種の木の中の遺伝子木の累積確率を計算し、そしてコアリセント履歴の数を数えることを含む。さまざまなオプションのヘルプファイルを参照してください。 遺伝子木は種の木の中でシミュレートすることができます。現在これは、種の場合ごとに1つの遺伝子に限定されており、種の木に一定の人口サイズが必要です。サブツリーが一意に回転するように遺伝子樹が生成されます。たとえば、（（a、b）、c）がサブツリーである場合（c、（a、b））は生成されません。
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