祖先 距離ベースベイズ法による祖先アミノ酸配列の推論
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祖先 説明

祖先の出願は、系統発生関係が知られている一組の相同アミノ酸配列から先祖アミノ酸配列を推定するように設計されていた。このパッケージには、C言語で書かれているancestor.exeが1つのプログラムが含まれています。 プログラムを使用するには、アミノ酸配列とこれらの配列のツリートポロジーを含む入力ファイルが必要です（例ではlysozyme.aaを参照）。このファイルは2つの数から始まります：配列数とアミノ酸部位の数（配列長）。 2行目は最初のシーケンスの名前になり、3行目は最初のシーケンスになります。 20アミノ酸の1文字コード（大文字）のみが配列に許可されています。シーケンスは整列され、隙間または他のシンボルはすでに取り外されるべきです。 ファイルの最後の行はシーケンスのツリートポロジです。ツリー形式はPhylip Package（FelsenStein 1995）で使用されているものと同じです。ツリーは未処理であることに注意してください。そのため、バイ化ではなく、最も深い分岐ノードに必要です。

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