腹部 ヌクレオチド配列中の飽和度を実証する
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腹部 説明

ヌクレオチド配列中の飽和を実証するための通常の方法は、それらを分離する進化的距離に対する配列間の違いの割合をプロットすることである。観察された差の数、例えば第3のコドン位置の割合のために、進化距離が増加するにつれてもはや増加しなくなると、シーケンスは飽和すると言われている。 同じ技術をアミノ酸（AA）配列に適用することができる。 asaturaと呼ばれるJavaアプリケーションを開発し、高さの高いものと低い確率でAA置換を識別しました。すべてのAA代替品は、それらの突然変異確率に応じて、「頻繁な」または「まれな」と定義されており、これは、よく知られているPAMやBlosumなどの置換確率行列から推測されます。 これら20×20のマトリックスは、シーケンスがある進化的距離にわたって分岐したときに、1つのAAの経験的に導出された確率を別のものに置き換える。 ASATURAアプリケーションは、これらの確率に従ってすべての置換を分類し、頻繁な置換と希少な置換を区別する確率の「カットオフ」の値を選択できます。各シーケンスペアについて、プログラムは、観測された頻繁な頻度の数と希少なAA置換がそれらの進化的距離に対してプロットします。 置換確率「カットオフ」値を変更することによって、頻繁なまたはまれに分類されたAA置換の数を変更することができる。理想的には、「カットオフ」値を慎重に選択すると、元のデータセットが飽和し、不飽和の1つに分割されます。 PAM、Blosum、Mtrev24、JTTなどの最も広く使用されている代替確率行列に加えて、ユーザー定義行列も使用できます。

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