4Sale. 同期RNA配列および二次構造の配向および編集用のツール
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4Sale. 説明

シーケンス分析では、複数のアライメントはすべての進行中の分析の基本を構築します。アラインメントのエラーは、後続のすべての分析に強く影響され、したがって誤った予測につながる可能性があります。手作りと手の改善のアライメントが必要であり、その間に良い一般的な慣習が必要です。 RNA配列の場合、しばしば一次配列ならびに二次構造コンセンサスがよく知られており、例えば、T - RNAのクローバーリーフ構造である。最近、両方の種類の情報を含めてモデル化することができるいくつかの整列編集者が提案されている。 しかしながら、それらの解決された二次構造（例えば、ITS2データベースから入手可能）と共に大量の信頼できるRNAシーケンスの出現を用いて、我々はシーケンスおよびそれらに関連する二次構造を同時に処理するための問題に直面している。 4saleはこのギャップを埋めます。アプリケーションは、大型のデータセットのための高速シーケンスと同期二次構造アラインメントと、整列されたシーケンスとそれらの二次構造の最初の同期マニュアル編集のために開発されました。 この研究は、シーケンスとそれらに関連する二次構造の同期アライメントのためのアルゴリズム、ならびにさらなる分析および編集に使用される4SALEの主な特徴のためのアルゴリズムを記載している。 4SALEは、すべてのRNA配列および構造分析に最適で固有の開始点を構築します。 ユーザーフレンドリーで直感的なインターフェースを提供する4saleは、シーケンスと二次構造情報に基づくRNA分析のための包括的なツールボックスです。

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