 | BN-BS同義語と非同義の置換の観点から見積もり長さの推定 |
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BN-BS 説明
BN-BSアプリケーションは、ツリートポロジーが与えられている間、サイトごとの同義語および非同義の置換に関して分岐長を推定するために開発されました。 このプログラムは、修正されたNei-Gojoboriメソッドを使用して、現在シーケンス間のペアワイズ同義と非同義の距離を推定し、その後、常時最小二乗法を使用することで分岐長とその差を推定します。 プログラムを使用するには、タンパク質コードDNA配列を含む入力ファイルが必要です（例については焦点を参照）。このファイルは、シーケンス数とシーケンスごとのヌクレオチド数（シーケンス長）から始まります。 2行目は最初のシーケンスの名前になり、3行目は最初のシーケンスになります。 A、G、C、T、A、G、C、およびTのみが配列に許容される。ギャップは取り除かれ、シーケンスは事前に整列されるべきです。ファイルの最後の行はシーケンスのツリートポロジです。ツリー形式はPhylip Package（FelsenStein 1995）で使用されているものと同じです。ツリーは未処理であることに注意してください。そのため、バイ化ではなく、最も深い分岐ノードに必要です。
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