 | IdeogramBrowser.Affymetrix SNPアレイを用いたゲノム収差の可視化のためのJavaツール |
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IdeogramBrowser. ランキングとまとめ
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IdeogramBrowser. 説明
IdeogramBrowser を使用して、Affymetrix Chromosome Copy Number Analysis Toolからの一組の出力ファイルを簡単に比較できます。ヘテロ接合性（LOH）または損失/利得マーカーの喪失は、それらの対応する染色体領域に対して遺伝子と共にプロットされている。 特徴： *核光図におけるSNPマーカのプロット（常にNCBI MapView Build 36.2データベースのIDEGROGRAGRE表から生成された新規）。デフォルトのデータベースを変更するには、付録Aを参照してください。 * CNTファイル形式（バージョン1.0および1.1）では、Affymetrix Copy Number Analysis Tool（CNAT 3とCNAT 4）からインポートできます。 *一般的なタブ区切りテキストファイル形式は、外国データをインポートするためにインポートできます（例えば、Microsoft Excelなどのスプレッドシートアプリケーションによって生成されます）。そのため、ソフトウェアはAffymetrix SNPアレイとAffymetrix Copy Number Analysis Tool（CNAT 3と4）に限定されません。 SNP分析を組み合わせることができます。アレイCGHデータを使用します。新しいCNAT 4フォーマットは、LOHマーカーを2番目のファイルに分割します。ファイルに同じプレフィックスがある場合、LOHファイルはコピー数（CN）ファイルを開くと自動的にロードされます。 * NCBI MapViewデータベースのローカルコピーからの遺伝子マーカーのプロット（ビルド36.2） *バッチ処理/複数ファイルのインポート。分割ファイルのマージ * LOG2RATIOSのしきい値、LOH（ヘテロ接合率の損失）、SPA（シングルポイント解析コピー数）、およびマーカー生成のGSA（Genome Smoanted Copy Number）値（後者は、10K SNPを超えるチップにのみ使用できます）。 *フィルタリング機能によるノイズリダクション *凝集領域の表現。 * http://www.genecards.orgにリンクします * JPG、SVG、PDF形式にエクスポートします。 *印刷機能（印刷はCUPSと組み合わせてLinuxでは機能しない可能性があります - これはJava 1.5 / CUPSの問題です。図をPDFとしてエクスポートして印刷します。 *等
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