Mcalign2

Indel Evolutionの明示的モデルに基づく非コードDNA配列の配向
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Mcalign2 ランキングとまとめ

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  • Rating:
  • ライセンス:
  • Freeware
  • 出版社名:
  • Peter Keightley
  • オペレーティングシステム:
  • Windows All
  • ファイルサイズ:
  • 505 KB

Mcalign2 タグ


Mcalign2 説明

非コードDNAの信頼性の高い位置合わせは、挿入/欠失（InDel）事象の未知のパターンのために困難である。 ヌクレオチドの違いの数（赤で示す）は、代替のアラインメントの間で根本的に異なりますが、他の情報がないと言うことは不可能です。 McAlignは、インデル進化の明示的なモデルを使用して配列を整列させることによってこの問題を取り組み、一対の配列に対して最も可能性の高いアラインメント、または系統的関係の知識の3つの配列を見つけます。 InDel進化モデルは2つのパラメータを有する。（1）θ、Quackederはヌクレオチド置換の周波数に対してインデングします。 （2）w、異なる長さのインデルスの相対周波数のベクトル。 いくつかの分類機械のモデルが提供されているか、新しいモデルをユーザーによって設定することができます。 McalIgn2は、シーケンスのペアを整列させる正確な動的プログラミングベースのプログラムです。 シーケンスのペアのみを配置したい場合は、このプログラムを使用する必要があります。


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