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NGSTOOLS ランキングとまとめ
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NGSTOOLS 説明
NGStoolsは、次世代シーケンスデータの異なる種類の分析を可能にするためのオブジェクトモデルを提供することを目的としたJavaベースのパッケージです。 パッケージはまた、異なる参照ゲノムに整列した読み取りを処理するためのいくつかのユーティリティプログラムを提供します。 このパッケージの最も重要なツールはSNVQであり、基本コールと品質スコアからの正確な単一ヌクレオチド変異体（SNV）検出と遺伝解除アルゴリズムと、同じ読み取りのアライメントを持つCCDSトランスクリプトライブラリにマージするためのルールセットです。 組み立て。 このパッケージのすべてのツールでアライメントを処理するための選択形式はSAMです。これにより、SamtoolsのようなBowtieやその他の分析パッケージとして、一般的に使用されるマッピングプログラムと統合することができます。
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