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Opsm Miner 説明
このパッケージはOpsm MinerとInformation Projectを提供します。 入力 - タブ区切りのASCIIファイル。列は組織であり、カラムは遺伝子発現である。行にヘッダー列を含めることができ、それらはヘッダー行であり得る。いずれにせよ、列数はすべての行で等しくなる必要があります。 - ヘッダの行と列には任意の文字列が含まれている場合があります。他のすべての値に番号を含める必要があります。 - マトリックスサイズはT（組織）X G（遺伝子発現）です。 アルゴリズムとフラグ アルゴリズムはDFS垂直比較を行っており、これは2つの遺伝子発現を比較することを意味する。 - "in-core dual compareを使用する" - 式のすべてのペアをプリビルドすると、これはメモリにgxgxtサイズを取りますので、メモリに合うことができることを確認してください。 - 「サポート」 - パターンを含む組織の数。探しているパターンを含めるこの最小限の数の組織のアプリケーションサポートを設定します。非常に高い数を設定すると、非常に少ないパターン、非常に低い数字があります。 - 「最小長」、「最大長」 - お探しのパターンサイズ。アプリケーションは非常に短くて興味深いパターンを返しませんので、 "min length"を設定します。実行時間を短縮するために「最大長」を設定してください。 - 「最大エラー」 - エラー付きOPSMのみ。 OPSMは正確なパターンを検索します。誤差を伴うOPSMは、パターンに合わないX数の遺伝子を含む場合でも組織を数えます。 - 「Max Group Len」 - グループを含むOPSMの場合、パターンは単一の遺伝子の代わりに遺伝子のグループ間で比較されます。例えば、パターンは次のようになります：（0.40.60.4）（0.70.8）（0.90.95） - 「最大レイヤーディスク」 - 覚えていない... レイヤーアルゴリズムを使用したOPSMの使用方法 レイヤーに設定するときは、「.Layers」に追加された、データセットファイルと同じ名前のレイヤ定義ファイルがあるはずです。 例えば： saltdat.txt. saltdat.txt.Layers. ファイル形式 - 各行はレイヤを表します。各層は列の範囲です。 0-56-10 ... ...
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