RDMサークル RNA二次構造の比較分析を自動化するためのプログラム
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RDMサークル 説明

RDMサークルアプリケーションは、比較方法を用いてRNA二次構造を推定するための実験的なWindowsプログラムであるように設計されています。 比較分析は、RNA二次構造を推定するための好ましい方法であるが、その使用はかなりの専門知識および手動の努力を必要とする。正確なシーケンスアラインメントおよび系統発生分析のための二次構造の重要性がますます実現されるにつれて、多様な分類群の二次構造モデルの必要性がより圧迫的になる。 最大重量マッチング（MWM）は、かなりの約束を示すRNA二次構造を推定するためのグラフ理論的アプローチです。それは、自由エネルギーの考慮事項、相互情報、または実験データなど、さまざまなソースから導き出すことができる一連のベースペアリングスコアのセットを入力します。 これらのデータは、頂点が位置合わせ位置であり、一対の頂点を接続する線または縁部は、そのペアリングの証拠量に比例した重みを与えられる。マッチングは、偏見グラフのサブグラフのサブグラフであり、頂点が他の複数の頂点に接続されていない。 最大の全エッジ重量とのマッチングは、RNA構造の最良の推定値であると考えられています。このマッチングは、PseudokNotsなどの2次構造と三次構造の両方に関する情報を含み得る。 MWMはRNA配列の比較構造分析のプロセスを大幅に高速化し、TRNA、SRP RNA、および16S RRNA配列上で首尾よく試験されている。

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