Vplg. 蛋白質グラフを計算し視覚化する
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Vplg. 説明

VPLG、またはタンパク質 - リガンドグラフの可視化は、グラフベースのモデルを使用して、超二次構造レベルでのタンパク質の構造を説明するツールです。 タンパク質 - リガンドグラフは、PDBファイル内の原子座標とDSSPアルゴリズムの二次構造の割り当てから計算されます。 このグラフでは、頂点は二次構造要素（SSE、例えばアルファヘリックスおよびベータシート）またはリガンド分子を表し、一方エッジモデルは接触し、それらの間の空間的関係。 VPLGは、SVG出力用のApache BATIKライブラリを使用してJavaで書かれており、複数のプラットフォーム上で実行できます。 主な特徴： は、DSSPファイルからのPDBファイルからの3次元原子データとセカンダリ構造の割り当てを読み取るから データからタンパク質 - リガンドグラフを計算し、グラフを視覚化します は、ビットマップ（.png）とベクトル（.svg）形式のグラフ画像の出力をサポートしています は、編集、解析、およびコンピュータプログラムで生成するのが簡単な独自のフォーマット（.plg）のプレーンテキストファイルにプロテインリガンドグラフをエクスポートします。 は、.plg-files からタンパク質グラフを読み、直接視覚化できます。

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