ermこの用途で遺伝子セットを分析する。 | |
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erm 説明
Erminejは便利で使いやすいツールです。典型的な目標は、特定の生物学的経路がデータ内に「面白いものをする」かを決定することである。このソフトウェアは、情報学の背景がほとんどまたはまったくない生物学者によって使用されるように設計されています。 主な特徴: 遺伝子セット分析のための複数の方法の実装: オーバー表現分析 遺伝子スコアを用いたリサンプリングベースの方法 遺伝子スコアを使用するランクベースの方法 遺伝子発現プロファイル間の相関関係(「クラスタ濃縮」分析の一種)を使用するリサンプリングベースの方法。 遺伝子セット受信統計スコア(P値)を受信し、複数のテスト補正がサポートされています。 遺伝子オントロジー用語の支持。ユーザーは分析する側面を選択できます。 ユーザーファイルは単純なテキスト形式を使用しています。 ユーザーは遺伝子セットを変更したり、新しいものを作成することができます。 ソフトウェア内で結果を視覚化することができます。 同じデータセットの複数の解析を異なる設定で比較するのが簡単です。 ユーザー定義可能なハイパーリンクは、結果のより効率的な閲覧を可能にするために外部サイトに提供されます。 プログラマの場合、コマンドラインインターフェースと、ERMINEJ機能を独自のコードにプラグインするために使用できる簡単なアプリケーションプログラミングインターフェイスがあります
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