gnlab.

計算パイプライン
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gnlab. ランキングとまとめ

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  • Rating:
  • ライセンス:
  • GPL
  • 出版社名:
  • Joshua Ho
  • オペレーティングシステム:
  • Windows All
  • ファイルサイズ:
  • 673 KB

gnlab. タグ


gnlab. 説明

GNLAB名は遺伝子ネットワークバーチャルラボを表します。 GNLABは、遺伝子調節ネットワーク（GRN）の大規模分析のための新規バイオインフォマティクスツールであるように開発されました。 このC ++コマンドラインツールは、GRNの静的構造と動的挙動の両方の分析をサポートしています。 GNLABは、GRN上の大規模な再現可能な計算実験の設計と実装をサポートするために開発されています。 GNLABは、ネットワーク生成、シミュレーション、分析、視覚化、比較、および推論のための分離可能なコンポーネントで構成されています。ユーザー定義のスクリプトを使用することで、これらのコンポーネントを互いに配置してGRN分析のパイプラインを構築できます。各コンポーネントは、コマンドラインオプションで呼び出すことができます。 主な特徴： ネットワーク生成： 3つのネットワーク成長モデルがGNLABで利用可能です。ランダムネットワークは、ERDOS-RENYIモデル（-R）、スケールフリーモデル（-F）、またはCharlestOn-HOモデル（-G）によって生成できます。 Charleston-HOモデルは、ゲノム進化におけるよく知られたプロセスに基づく新たに提案されたネットワーク成長モデルです。このモデルは、実際のGRNの詳細な位相構造を捉えることが示されています（hoとチャルストン、準備中）。 ネットワークビジュアライゼーション：GNLABはGraphViz、Geomi、Cytoscape用の入力ファイルを作成できます。この機能は、コマンドラインオプション-vによって呼び出されます。 ネットワークシミュレーション： 丘の速度論を用いて、GRNの遺伝子発現パターンは決定的または確率的にシミュレートすることができる。時系列遺伝子式のデータは、コマンドラインオプション-tを呼び出すことによって生成できます。シミュレートされたデータは、拡張子が「.Data」のテキストファイルに格納されます。 3種類のマイクロアレイデータセットは、GNLAB：時系列、遺伝子摂動、および条件固有のデータセットによってシミュレートすることができます。コマンドラインオプション-sは、マイクロアレイデータのシミュレーションを呼び出すために使用されます。 ネットワーク分析： GRNの静的構造は、ネットワークのトポロジー機能の集まりによって定量化することができます。 11のトポロジー機能のセットはGNLABで計算されます。 ネットワーク比較： 同じ数のノードを持つ2つのネットワーク間のトポロジの類似性は、GNLABで計算できます。ネットワーク比較は、コマンドラインオプション-cを介して呼び出されます。 2つのネットワーク間のトポロジの違いの1行の要約がコンソールに出力されます。 ネットワーク推論： GNLABはネットワーク推論を直接実行しません。ただし、AracneとBanjoの入力形式に変換するように発生するマイクロアレイデータセットを使用できます。このプロセスは、コマンドラインオプション-dによって呼び出されます。


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