gz-gamma 各アミノ酸部位における予想される置換数の推定
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gz-gamma 説明

GZ-GAMMAは、これらの系統発生関係の際の祖先配列推定と最尤推定の組み合わせを使用して、各アミノ酸（ヌクレオチド）部位の置換数、およびサイト間の速度変動のためのガンマ形状パラメータを推定するために開発された。相同配列が知られている。 このパッケージには、2つのプログラムが含まれています：Aアミノ酸配列用のGZ-AA.EXE、およびC言語でコードされているDNA配列用のGZ-DNA.exe。プログラムを使用するには、アミノ酸（またはヌクレオチド）配列を含む1つの入力ファイルと、これらのシーケンスのツリートポロジー（例についてはATP6.AAを参照）が必要です。このファイルは2つの数から始まります：配列数およびアミノ酸またはヌクレオチド部位の数（配列長）。 2行目は最初のシーケンスの名前になり、3行目は最初のシーケンスになります。各シーケンスは中断することなくラインを占有する必要があります。 20アミノ酸（または4ヌクレオチド）のための文字（大文字）は配列中に許容される。ギャップまたは他のシンボルはすでに削除されているはずです。ファイルの最後の行はシーケンスのツリートポロジです。 ツリー形式はPhylipパッケージで使用されているものと同じです。ツリーは未処理であることに注意してください。そのため、バイ化ではなく、最も深い分岐ノードに必要です。

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