h h Javaに基づくハプロタイプアセンブリビューア
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HAPEDITは、ユーザーがハプロタイプアセンブリの正確さを評価するのを助けるために特別に構築されている機器です。これは次世代のシーケンステクノロジを使用して行われます。 HAPEditは、Javaプログラミング言語の助けを借りて作成され、複数のプラットフォーム上で実行できるツールです。 主な特徴： HAPLOIDコンセンサスシーケンスの代わりに、HAPLOTYPEセグメントはHAPLOTYPEアセンブリウィンドウの上部に表示されます。 組み立てられたハプロタイプセグメントの精度を評価する品質スコアは、ハプロタイプセグメントの下に示されています。 読み取りに使用されるシーケンステクノロジを反映して、読み取り名は着色されています。 ベースコールは、品質スコアに従って差別的に着色されています。これにより、低品質の基本通話を見つけるためのユーザーが容易になります。 アセンブリナビゲーションウィンドウで特定の領域をダブルクリックすると、ユーザーはHaplotypeアセンブリウィンドウに表示されている領域を詳細に表示します。 誤ってハプロタイプセグメントを破断することができます。補足データによって確認されたハプロタイプセグメントの接続は、単純なマウス操作によって有効になります。 シークエンシング技術の構成レートを分析して棒グラフに表示します。同様に、シーケンスおよびクローンカバレッジも円グラフにまとめられています。

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