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LSIM は高分子電子密度を重ね合わせて構造類似性スコアを計算する。 LSIM 計算は、比較されている分子の大きさを用いて直線的に縮小する。 LSIM アラインメントは概念的に生化学的構造要素とは無関係であり、したがって、構造のみのタンパク質類似性試験には偏りかつ適切である。
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