 | mmタンパク質配列処理と質量スペクトルの解釈のためのいくつかのモジュールとツール |
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プログラムMMASは、質量分析データ分析のための簡単なツールのオープンソースマルチプラットフォームパッケージを提示します。 MMASSアプリケーションは、一般的なプロテオームタスクに焦点を当てたタンパク質配列処理およびマススペクトルの解釈のためのいくつかのモジュールおよびツールで構成されています。 主な特徴： 複数のフォーマットのサポート： MMASは、MZDATAやMZXMLなどのいくつかの質量分析形式をサポートしています。マススペクトルまたはPeakListデータは、タブ、スペース、カンマ、セミコロンで区切られた2列（M / z値と強度値）からなる単純なASCIIファイルから簡単にインポートできます。さらに、Bruker Daltonic Flexシリーズ楽器からのネイティブデータのサポートがあります。 MMASの一般的な機能の1つは、空白の文書を開いて手動でPeakListを作成する機能です。この機能は、スペクトル画像またはラベル付きピークの印刷されたリストが利用可能である場合に特に役立ちます。 データ処理： 最後に、自動ピークピッキング、デイソポーピング、ベースライン補正、スムージングなどの処理機能があります。 キャリブレーション： データの再校正には2つの方法があります。内部校正は、内部基準値を使用して、古典的なキャリブレーション方法です。内部参照値の広範なリストが利用可能で、新しい値を簡単に追加できます。自己較正と呼ばれることがある統計的較正は、ペプチド質量スペクトルに利用可能な特別な方法である。どちらの方法でも、線形または二次フィッティングのいずれかを使用できます。 シーケンスツール： MMASは内部シーケンスエディタを提供し、これは他のモジュールに任意のタンパク質またはペプチド配列を利用できるように使用することができる。修正は固定または変数として適用できます。タンパク質消化器具を使用して、特定のタンパク質配列のシリコ酵素的または化学的消化から生じるペプチドのリストを生成することができる。同様に、ペプチドフラグメンテーションツールは一般的なペプチドフラグメントのリストを生成する。どちらの場合も、可変修正のすべての可能な組み合わせが計算され、結果は測定データと容易に比較できます。さらに、配列検索ツールによる特定のペプチド質量についてシーケンスを検索することができ、非特異的切断などを識別することができる。 質量計算機： マス電卓ツールを使用して、所与の式の同位体パターンをシミュレートし、生成されたプロファイルスペクトルを実データと容易に比較することができる。 複合検索： 複合検索ツールは、スペクトル内のユーザー指定の化合物を検索するために使用できます。各化合物は分子式として指定されているため、単一石または平均質量の両方が任意の電荷で検索され得る。さらにいくつかの加算器も検索することができます。 ピークの違い： マススペクトルの解釈は、通常、スペクトル内のすべてのピークの間の差の一見したことのないチェックを終了することを含みます。ただし、ピーク違いツールは、ピークリスト内のピーク間のすべての違いの表を単純に生成することができます。次いで、この表を使用して、特定の許容誤差の中で、すべてのアミノ酸のそれぞれの質量、計算されたジペプチドまたは特定の質量値のそれぞれの差を自動比較することができる。 マスコット検索： 質量分析はタンパク質識別のための非常に一般的なツールですが、道具がオンラインで公開されることなく不可能であろう。 MMASは、データをマスコットWebサイトで利用可能な3つの主要ツールに直接送信できるようにするインターフェースを提供します。ペプチドマスフィンガープリント、シーケンスクエリおよびMS / MSイオン検索。
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