 | pknotsrg.RNA折り畳みおよび熱力学的マッチング有用性。 |
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pknotsrg. 説明
PKNOTSRGは、単純な再帰的擬似コックノートのクラスを含むRNA二次構造を折り畳むためのツールです。 プログラムはO（n ^ 4）の時間とO（n ^ 2）空間で動作します。したがって、Bibiserv上のそのアプリケーションは最大800塩基までの長さのシーケンスに制限されています。 擬似コースを含まない構造のエネルギーパラメータは、実際のMFold 3.1と同じです。 折り畳み温度は37℃に固定されている。 現在、利用可能な3つの異なるモードがあります。 PKNOTSRG-MFE：最小限の自由エネルギーのS（結び目またはそうでない）の構造を計算します。 PKNOTSRG-ENF：PSEUDOKNOTを適用します。 PKNOTSRG-LOC：Sのいずれかの構造の要素になることができる最良の局所的な疑似コックノットを提供します。ここで、「最善」はヌクレオチド当たりの自由エネルギーによって定義されます。 一部のSは展開されていません PKNOTSRGを入手し、それをスピンのためにそれを取って、それが実際にあなたのためにすることができるものを見る！
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