rate4site.

保存されたアミノ酸部位を検出するためのプログラム
今すぐダウンロード

rate4site. ランキングとまとめ

広告

  • Rating:
  • ライセンス:
  • Freeware
  • 出版社名:
  • Tal Pupko
  • オペレーティングシステム:
  • Windows All
  • ファイルサイズ:
  • 372 KB

rate4site. タグ


rate4site. 説明

RATION4Siteは、多重配列アラインメント（MSA）の各部位について相対進化速度を計算することによって保存されたアミノ酸部位を検出するためのプログラムであるように開発された。 概要： 進化速度はアミノ酸部位の間では一定ではない。いくつかの位置はゆっくりと進化し、一般に「保存された」と呼ばれ、他のものは急速に進化し、「可変」と呼ばれる。速度変動は、これらの部位に作用する異なるレベルの精製選択に対応する。 精製選択は、タンパク質の3D構造への折り畳み、酵素活性に関与するアミノ酸部位での制約、あるいはタンパク質 - タンパク質相互作用に参加するアミノ酸部位での幾何学的拘束の結果であり得る。 。 RATION4SITEは、確率的ベースの進化モデルを用いて各部位の相対進化速度を計算します。これにより、タンパク質ファミリー内の配列進化の根底にある確率的プロセスと、家族のタンパク質の系統発生木を考慮に入れることができます。サイトの保全スコアは、サイトの進化率に対応しています。 方法論： Rate4Siteへの唯一の必須入力はMSAファイルです。その後、プログラムは利用可能なMSAと一致する系統発生木を計算する（ユーザーは事前計算ツリーを入力することもできます）。その後、MSA内の各サイトの相対保全スコアを計算します。これは、経験的ベイジアン法または最尤法を用いて行われる（Pupko et al。、2002）。


rate4site. 関連ソフトウェア

バズーカ

は、多数のスパイウェア、アドウェア、トロイの木馬、キーロガー、泡立て器を検出します。 ...

291 727 KB

ダウンロード

私たちに関しては