rnashapes 累積形状確率の計算をスピードアップするためのランタイムヒューリスティック
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rnashapes 説明

ラピッドシェイプは、累積形状確率の計算をスピードアップするためのランタイムヒューリスティックであるように開発されました。 RNA形状抽象化は、構造体の木のようなドメインに構造をマッピングし、構造的特徴の隣接性とネスティングを保持しますが、らせん長さを無視します。 形状抽象化は動的プログラミングアルゴリズムとうまく積分しているため、後ではむしろ構造の予測中に適用できます。 これは指数関数的爆発を回避し、それでも分子の折りたたみ空間の特性の非発見的で完全な考慮を払うことができる。 RNashapesは、1つのソフトウェアパッケージで3つの強力なRNA分析ツールを提供しています。 - 明確に定義された意味で完全な異なる形状の代表的な構造の小さいセットの計算。 - 累積形状確率の計算 - 過価なサンクオフアルゴリズムの代替として、コンセンサス構造の比較予測。

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