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sw 説明
SWeblast（スライディングウィンドウWebベースのBLAST）は、Windows、Linux、Macで使用するためにPerlで書かれたコマンドラインプログラムです。 swebblast.plの主な構成要素は、FASTAフォーマットで供給されたクエリシーケンス、またはシーケンスを、選択された長さと重なり合いの一連の部分診断に分割し、genbankのブラストファシリティに連続して送信します。 検索結果は、サブフォルダ内の単一のファイル、Blast.txtに照合されます。これは、2番目のコンポーネント、swebblast_parser.pl、および標準スプレッドシートプログラムなどの一連のCSVファイルとしてサブフォルダに入れる結果をサブフォルダに分析します。 利用可能な引数またはオプションを見るには、オプションを使用してプログラムを実行できます。 Perl Swebblast.pl --help. -helpまたは-h：このメッセージを表示します。 -inputまたは-i：入力（データ）ファイル。 -OUTPUTまたは-O：出力フォルダ（オプション）。 -windowまたは-w：ウィンドウ長デフォルト100（オプション）。 -stepまたは-s：step length - デフォルト50（オプション）。 -databaseまたは-d：検索されるGenBankデータベース - デフォルトNR（オプション）。 -programまたは-p：使用するプログラム：BLASTN、BLASTP、BLASTX - デフォルトBLASTN（オプション）。 -expectまたは-e：expect（オプション）。 -entrezまたは-q：entrez query（任意）BooleanコマンドBlast Searchを制限する （例えば、 "Virus Not Potatoウイルスy ）」）。 -parseまたは-r：swebblast_parser.pl（オプション）を呼び出します。 -ccutoffまたは-c：より大きなE値でヒットを破棄します（オプション）。 または、引数なしでプログラムを実行してプロンプトに従って、インタラクティブメニューを使用します。 Perl Swebblast.pl
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