アリグレイ ALIGNAIDは、シーケンスアラインメントをローカルにまたはクラスタ上で簡単に実行するPerlモジュールです。
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ALIGNAIDは、シーケンスアラインメントをローカルにまたはクラスタ上で簡単に実行するPerlモジュールです。 ALIGNAIDは、シーケンスアライメントを局所的にまたはcluster.Synopsisで簡単に実行するPerlモジュールです。 ＃シングル、ローカルランBLASTジョブを作成するのは、デフォルトのMy $ JOB = ALIGNAID-> NEW（DB => 'my_blast_db'、dir => $ dir、fasta => 'my_query.fa'、prog_args =>です。 'v = 20 -nonnegok'）。 ＃現在のホストでジョブを実行するMy $ return_value = $ JOB-> Submit（outfile => 'my_results.out'）; ＃alignaid cross_matchオブジェクト＃デフォルトをオーバーライドするためのアライメントプログラムとキューを指定します。 => 'my_query_seqs.fa'、queue => 'lsf'）; #cross_matchジョブをLSFキュー（Compute Nodes）に送信するMy $ RETURN_VALUE2 = $ JOB2-> Submit（outfile => 'my_output'）; ＃キューに入れられたジョブをkill my $ return_value3 = $ JOB2-> kill_all; Alignaidは、シーケンスアライメントプログラムのBlastとCross_Matchを簡単に実行できるように設計されています。 Alignaidは多数のクエリシーケンスを受け入れることができます。 LSFやPBSなどの計算クラスタキューが使用可能な場合、alignaidはクエリを複数のキュージョブに自動的に分割できます。単一のホストで整列をローカルに実行する場合は、必要なすべての変更が必要です。アライメントプログラムを起動してOutput.Alignaidを管理する方法を大事にします.ALIGINAIDはLSFキュージョブ制御のための初歩的なサポートもあります。アリニャイドのインターフェースを通じて仕事を殺すことは可能です。

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