 | アスガードASGARDは代謝経路再構成ソフトウェアです。 |
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アスガード 説明
Asgardは代謝経路再建ソフトウェアです。 ASGARDは代謝経路再構成ソフトウェアですが、他の種類の生物学的配列注釈（GO番号、BLASTレポート）も生成します。 ASGARDツールはUNIXのようなシステムで実行されることを意図しており、SGEまたはPBS.ASGARDをサポートし、そのドキュメントはGNU GPL V.3およびGNU FDL vの下でリリースされます.1.2ライセンス）.AlthoughエンボスもGPLの下でリリースされ、添付のバイナリはオリジナルから変更することなくコンパイルされているため、ソースコードはASGARDに含まれていません。スプリッタのソースコードが必要な場合は、Emboss Distributionから直接アクセスしてください。/ docディレクトリのマニュアル（doc / asg_manual.pdf）をチェックしてください。 ：-vプログラムのバージョンと終了を表示します。 -hこのヘルプメッセージと出口を表示します。このプログラムは、長いDNA配列または遺伝子サイズのDNAまたはタンパク質配列から起動することができます。 -w注釈付きの小さいシーケンスがある場合は、このオプションを使用します - それらはBlastのために小さいシーケンスに分割されません。 （デフォルト：LONGシーケンス） - GFFファイルは作成されません。-gと-sは無視されます。 -b一般的なDBのみから最初に爆発し、停止する（代謝再構成なし）。 -qパイプラインの2番目のステップから始まります（以前に行われた一般的なDBに対するブラスト）。 -zパイプラインの最後のステップのみ（2番目の、 "Reverse" Blastはすでに行われています）。必須：-i fastaファイルに注釈を付けたいシーケンスを持つfastaファイル。 -p Blastプログラムを使用するには、Blastn、Blastp、BlastX、TblastnまたはTblastXのいずれか（どちらが使用するのかわからない場合は、Blastのマニュアルに相談してください）。 -d使用するBlastデータベース（formatdbによって生成された、BlastDocsを参照してください。代謝再構築のために、このデータベースはスイスプロットから理想的に導き出します。一般的なBlastのみのために任意のデータベースのみ）。 * [BLASTデータベースに対応するFASTAシーケンスを備えた-Fファイルの場合は、次に2つのオプションが必要です。 -l再構築の最後のステップに必要なマッピングファイルの場所（-z）;オプション：-e BLAST検索で使用されるE値（デフォルト：1e-6）; -pジョブをスケジュールソフトウェア（PBS / SGE）に送信しないでください。 -J各BLAST検索に戻る最大ヒット数（10）。 -M BLAST結果の出力形式（-B、デフォルトの場合のみ有効）; -Sサイズのサイズは、-Wを使用していない場合（500 BP）。 -n BLASTに使用するノードの数、最初の反復（10）; -a各BLASTコマンドに使用するノードごとのプロセッサ数（1）。 -k仲介ファイル（BLASTデータベースと結果）を保存すると、デフォルトはそれらを削除しています - それらは多くのスペースを取ります。 -b Blastに使用したい追加のパラメータは、 "-f f"または '-f f'など、引用符（ダブルまたはシングル）で囲まれていなければなりません。または、出力は間違っています。
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