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バイオ:: Affymetrix :: CDF. ランキングとまとめ
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- ライセンス:
- Perl Artistic License
- 価格:
- FREE
- 出版社名:
- Nick James and David J Craigon
- 出版社のWebサイト:
- http://search.cpan.org/skippy/Bio-Affymetrix-0.5/lib/Bio/Affymetrix/CDF.pm
バイオ:: Affymetrix :: CDF. タグ
バイオ:: Affymetrix :: CDF. 説明
Bio :: Affymetrix :: CDFは、Affymetrix CDFファイルを解析するためのPerlモジュールです。 Bio :: Affymetrix :: CDFは、Affymetrix CDF Filesを解析するためのPerlモジュールです.synopsisSisuse Bio :: Affymetrix :: CDF;＃cdf filemy $ cdf =新しいBio :: Affymetrix :: CDF（{"probemode" => 0） } $ cdf-> parse_from_file（ "foo.cdf"）;＃このチップTypePrint $ cdf-> rows（）に関するいくつかの楽しい事実を見つけてください。 "、"。$ cdf-> cols（）。 "n";印刷$ cdf-> version（）。＃ "n";＃このチップタイプのすべてのプローブセット名を印刷するMy $ i（キー％{$ chp-> probesets}）{印刷$ CHP->プローブセット - > {$ i - >名前（）。 "n"; Affymetrix Microarrayシステムはさまざまな形式でファイルを作成します。これがあなたに何も意味しない場合、これらのモジュールはおそらくあなたのためではありません:)。このモジュールはCDFファイルを解析します。 Affymetrix GeneChipの設計について調べたい場合は、このモジュールを使用するか、このパッケージ内の別のモジュールのオブジェクトを必要な場合は、Bio :: Affymetrix Modulesのオブジェクトが必要です。ファイルを完全にメモリに解析します。そのため、これらのオブジェクトを保持するのに十分なメモリが必要です。一部のアプリケーションでは、ストリームとしての解析がより適切な場合があります - うまくいけば、これらのモジュールのソースはこれを簡単なタスクにするのに十分な手がかりを与えます。特にこのモジュールは、プローブ情報も記憶されている場合（約150MB）の場合、特に多くのメモリを取ります。プローブレベルの情報が省略されていれば、すぎない（約15MB）。 Can.Con.Control Constructorでprobemode => 1またはprobemode => 0を設定することでこれを使用します。これらのモジュールを使用してCDFファイルを書き込むこともできます（WRITE_TO_FILEHANDLEメソッドを使用）。いくつかの重要な警告の互換性を参照してください。要件： ・Perl
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