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バイオ:: Phylo :: Io. 説明

Bio :: Phylo :: IO Perlモジュールには、系統データの入出力が含まれています。 Bio :: Phylo :: IO Perlモジュールには、系統生産データの入力と出力が含まれています。 ＃ニューマイ文字列からツリーを解析するMy $ tree_string = '（（（a、b）、c）、d）;'; '; My $ tree = bio :: phylo :: io-> parse（ '-string' => $ tree_string、＃古いパーサー、常にノードラベル '-format' => 'newick'、） - > first。 ＃注：ニュミックパーサーは＃ 'Bio :: Phylo :: Forest'を返します！ ＃ - >最初にフォレストの最初の＃ツリーを取得します。 #print 'bio :: phylo :: forest :: tree' print ref $ tree、 "n"; ＃テーブルを解析するMy $ TABLES_STRING = QQ（A、1,2 | B、1,2 | C、2,2 | D、2,1）。 My $ Matrix = Bio :: Phylo :: IO-> parse（ '-string' => $ table_string、 '-format' => 'table'、＃データ型、Bio :: Phylo :: Parsers :: table ' -type '=>'標準 '、＃フィールド区切り文字' -fieldsep '=>'、 '、＃線区切り文字' -linesep '=>' | ';'）; #print 'bio :: phylo :: matices :: matrix' print ref $ matrix、 "n"; ＃私の$ taxa_string = 'a：b：c：d'のリストを解析する＃ My $ TAXA = BIO :: Phylo :: IO-> PARSE（ '-string' => $ TAXA_STRING、 '-format' => 'taxlist'、 '-fieldsep' => '：'）; ＃プリント 'Bio :: Phylo :: Taxa'印刷Ref $ Taxa、 "n"; ＃ツリー内の分類名と$ TAXAオブジェクト$ tree-> cross_reference（$ taxa）にマッチします。 ＃行列$ Matrix-> Cross_Reference（$ TAXA）の＃ Print Bio :: Phylo :: IO->除外（＃はツリーオブジェクトを渡します。＃はTAXAを参照しています。）は、マトリックス '-phylo' => $ tree '-format' => 'pagel'を参照しています。 #pagelデータファイルを印刷します。＃42＃A、N1,0.0000,1,2＃b、n1,0.000000,1,2＃n1、n2,0.000000＃c、n2,0.000000,2,2＃n2、n30.000000＃D、N3,0.000000,2,1の要件： ・Perl

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