ペプチド:: PubMed.

ペプチド:: PubMedは、メドラインの記事の抄録からペプチド配列を抽出することができるPerlモジュールである。
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ペプチド:: PubMed. ランキングとまとめ

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  • Rating:
  • ライセンス:
  • Perl Artistic License
  • 価格:
  • FREE
  • 出版社名:
  • Timur Shtatland
  • 出版社のWebサイト:
  • http://search.cpan.org/shtatland/Peptide-Pubmed-1.02/lib/Peptide/Pubmed.pm

ペプチド:: PubMed. タグ


ペプチド:: PubMed. 説明

ペプチド:: Pubmedは、メドラインの記事の抄録からペプチド配列を抽出することができるPerlモジュールです。 ペプチド:: PUBMEDは、メドラインの抽象化からペプチド配列を抽出することができるPerlモジュールである。 $ PARSER = PEPTIDE :: PUBMED->新品。 $ in = {PMID => Q 、著者=> Q 、JOURNAL => Q 、TITLE => Q 、抽象=> Q 、メッシュ=> q 。人間Bar]、化学=> Q 。ペプチドライブラリー; foo]、}; $ parser-> parse_abstract（$ in）; ＃1文字のシンボルでペプチドシーケンスを取得します（＃組み合わされた単語/抽象スコアが上にあるすべての単語を選択します。 "@seqsn"を印刷します。 #prints： 'Eyhynk RGD'examples＃上記と同じ、しきい値を明示的に設定します。$ Parser-> WORDABSTSCROREMIN（0.4）; @seqs = $ parser-> get_seqs; ＃より多くのペプチドシーケンスを得るために（ただし＃より多くの誤検知を得るためのコストで）$ PARSER-> WORDABSTSCOREMIN（-1）; @seqs = $ parser-> get_seqs; "@seqsn"を印刷します。 #print： 'eyhynk rgd acccgtna vegfri'＃リセットしきい値バック：$ parser-> wordabstscoremin（0.4）; ＃$ abst = $ parser-> get_abstのためのより多くのデータを取得します。印刷 "$ abst - > {abstscore} n"; ＃抽象スコア、間隔印刷 "$ abst - > {abstmtext} n"; ＃ '＃'ペプチドシーケンスEyhynkとArg-Gly-Asp、＃はAcccgtnaまたはVegfriではありませんでした。 ＃ペプチドシーケンスに加えて、@words = $ parser-> get_wordsに加えて、＃を取得します。 My $ Word（@Words）{＃unidation word /抽象スコアの場合、間隔印刷 "$ Word - > {wordabstscore} n";抽象的に見つかった単語、例えば 'arg-gly-asp、' print "$ word - > {wordorig} n"; ＃1文字のシンボルの＃ペプチドシーケンス、例えば 'RGD'印刷 "$ Word - > {wordsequence} n"; ＃必須の入力フィールドはありません。これも機能しますが、低スコアを与えるかもしれません。 $ in = {abstract => q 、}。 $ parser-> parse_abstract（$ in）; @words = $ parser-> get_words; ＃ペプチドシーケンスは空の入力にありません：$ in = undef; $ parser-> parse_abstract（$ in）; @words = $ parser-> get_words;要件： ・Perl


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