Go :: View.GO :: Viewは、GO DAGを視覚化するためのGIFまたはPNGイメージを作成するPerlモジュールです。 | |
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Go :: View. ランキングとまとめ
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- ライセンス:
- Perl Artistic License
- 価格:
- FREE
- 出版社名:
- Shuai Weng
- 出版社のWebサイト:
- http://search.cpan.org/sherlock/GO-TermFinder-0.72/lib/GO/View.pm
Go :: View. タグ
Go :: View. 説明
GO :: Viewは、GO DAGを視覚化するためのGIFまたはPNGイメージを作成するPerlモジュールです。 GO :: Viewは、GO DAGを視覚化するためのGIFまたはPNGイメージを作成するPerlモジュールです。また、Stanford MicroArrayデータベース(SMD)によって作成されたGO :: Termfinder Perlモジュールの視覚化も提供します。このモジュールは、共通の関数またはProcessを持つことができる一組の遺伝子製品を製造する実験結果または計算結果を分析するときに役立ちます。 My $ GOVIEW = GO ::ビュー - >新規(-goid => $ GOID、--OntologyProvider => $ ONTOLYLOGION、-NANTATIONPROVIDER => $ AN注入、-terMfinder => @pValues、-ASPERE => 'p'、-configfile => $ Conffile、-imageDir => "/ tmp"、-imageurlroot => "http://www.abc.com/tmp"、-imageName => "goview.88.png"、-tree => ' '、-nodeurl => $ GOURL、-geneURL => $ Geneurl、-pvaluecutoff =>' 0.01 '、-imagelabel => "SGD");引数が必要なデータとタイプ----------------------------------------------- -------------------------- - - - Gene Ontology ID(GOID)。何も渡されない場合、モジュールは各オントロジーブランチ(すなわち、Dhailular_Function、Biological_Process、またはCellular_Component)の上のGoIDを使用します。 - OntoLogy Providerインスタンス。 -AnnotationProvider No Annotation Providerインスタンス。 Go Term Finderの結果のツリーを作成する必要があります。 -terMfinder no 'findterms' Go :: TermFinderモジュールから返されたハッシュ参照の配列。 Go Term Finderの結果のツリーを作成する必要があります。 - いいえ。オントロジープロバイダーの側面。 Go Term Finderの結果のツリーを作成する必要があります。 -configfileはいグラフィック表示の一般的な変数を設定するための設定ファイル。 -imageDirはい新しく作成したイメージファイルを格納するためのディレクトリ。 Webに画像を表示したい場合は、世界(誰もいない)読み書き可能でなければなりません。 -imageUrlrootいいえ - イメージジルのURLルート。画像をWebに表示したい場合は必須です。 -imageNameいいえイメージファイル名。デフォルトでは、名前は 'goview.xxxx.png'のようなものになります。 'xxxx'はプロセスIDになります。 GDライブラリの機能に応じて、実行時に決定されるように、画像(.pngまたは.gif)のサフィックスを提供しないでください。 -treeType NO。木の種類1. UP =>与えられたGoIDの先祖ツリーを表示します。 2. DOWN =>与えられたGoIDの子孫ツリーを表示します。デフォルトでは、子孫ツリーを表示します。 -geNeurl no関連する遺伝子のURL。ノードの実際のGOIDによって置き換えられるURLにテキストを持つ必要があります。 -nodeURLいいえリンクする各GOノードのURL。ノードの実際のGOIDによって置き換えられるURLにテキストを持つ必要があります。 -pvaluecutoffいいえGo Term Finder用のグラフィックを表示するためのP値カットオフ。デフォルトは0.01 -imagelabelいいえ、マップの左下隅に表示される画像ラベルです。 -------------------------------------------------------- -------------------------- Web上の画像を表示するには:$ goview-> showgraph;フルパスで画像ファイル名を作成して戻すには:My $ ImageFile = $ Goview-> CreateImage;要件: ・Perl
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