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rdkit. 説明
CheminFormaticsと機械学習ソフトウェア RDKITは、CheminFormatics用のデータ構造、アルゴリズム、およびスクリプトを持つPythonライブラリです。 （分子テキスト）2D描写（拘束描写を含む）距離ジオメトリを介した2D - > 3Dの生成ジオメトリのクリーンアップのためのUFF実装指紋（夏時間、「MACCSキー」など）類似性/多様性継ぎ金属分子機能性、CNTDサブグラフ/フラグメント解析Gasteigerの充電形状に基づく類似度分子分子のアライメント分子変換（スマートを使用）一般的な「QSAR」機能分子記述子ライブラリー： - トポロジ（κ3、Balaban Jなど） - 電子写真状態（エステート） - CLOGP、MR - "MOE" VSA記述子 - その他学習： - クラスタリング - 決定木、ナイーブベイズ*、KNN * *機能的ですが、素晴らしい実装ではありません - バッグ、ランダム森林 - データ分割データ分割シャッフリング荷重外の分類直列化可能なモデル濃縮プロット、スクリーン、etc.command回線ツールML / BuildComposite.py：ビルドモデルML / ScreenComposite.py：画面モデルML /enrichmplot.py：ML / Analysecomposite.py：モデルの分析（記述子レベル）Chem / FingerPrints / FingerPrintMols.py：2Dフィンガープリントの生成Chem / BuildFragmentCatalog.py：階層カタログ要件を使用したケースタイプ解析： ・Python このリリースの新機能： ・RDKIT Pythonモジュールをより簡単に設置するために、配信のディレクトリ構造が変更されました。具体的には、ディレクトリ$ RDBASE / Pythonが$ RDBASE / RDKITに変更され、Pythonコードは$ RDBASEがPythonPathにあることを期待しています。 RDKIT Pythonモジュールをインポートするときは、次のようにしてください。 PythonPathに$ RDBASE / RDKITを追加すると、古いコードは動作し続けますが、新しい組織を反映するようにスクリプトを更新することが強く提案されています。 ・C ++プログラマの場合：原子と結合が分子に保存されている方法には、後方に互換性のない変化があります。詳細については*その他のセクションを参照してください。謝辞 ・カーク境界、Noel O'boyle、Andrew Dalke、Peter Gedeck、Armin Widmerのバグ修正 ・リングクロージャ数字としての0秒の誤った処理（問題2525792、2690982） ・反応における明示的なHSを持つ原子の誤った取り扱い（問題2540021） ・smilesmolsupplier.getItemText（）クラッシュ（号2632960） ・反応スマートにおけるドット分離の誤った取り扱い（第2690530号） ・大分子用モルブロック中の不良充電系統（号2692246） ・譲受人の依存依存依存関係からの構造（発行2705543） ・2Dファーマコフォアコードでの注文依存 ・LayeredFingerPrintsは、芳香族原子間の非芳香族単一環結合を正しく取り扱っています。新機能 ・BRICS実装 ・Morgan / Circular FingerPrintsの実装 ・2D Pharmacophoreコードは標準のRDKit FDEFファイルを使用しています。 ・CTABのアトムパリティ情報が書き込まれて読み取られます。読み出しに存在する場合、原子パリティフラグはアトミックプロパティ "Molparity"に格納されます。 ・オプションの「FromatoSom」引数が原子対および位相的ねじり指紋に追加されました。これが提供されている場合は、指定された原子を含む原子対だけ、または指定されたアトムで開始または終了するねじれが指紋に含まれます。 ・CTABを生成するときにKEKUL化はオプションです。 MDL仕様は芳香族結合が使用されないことを示唆しているので、これは主にデバッグ目的を目的としています。 ・分子からの全ての立体化学的情報を除去するために、除去照明（Pythonからの除去照明）機能が添加されています。他の ・$ RDBASE / RDKIT / QTGUIおよび$ RDBASE / PROJECTS / SDVIEWのQT3ベースのGUI機能は非推奨です。それはまだ働くべきですが、それは将来のリリースで削除されます。これで新しいものは何も構築しないでください（非常に古くて寛大な）フレームワーク。 ・関数DaylightFingerPrintMol（）は推奨されていません。代わりにRDKFingerPrintMol（）を使用します。 ・C ++プログラマの場合：RomolメソッドgetAtompmap（）とgetBondpMap（）は削除されました。 分子自体は、グラフ反復子（例えばRomol：Edge_iterator、Romol :: Vertex_iterator、Romol :: adjacency_iterator）を対応する原子およびondsに変換するために使用できる演算子[]（）メソッドをサポートしています。 Atomの社債をループするための新しいAPI：... MOLPTRはConst Romol * ... ... AtomptrはConst Atom * ... Romol :: odge_iter beg、終わり。 Boost :: Tie（Beg、End）= MOLPTR-> Getatombonds（アトマト）; 間（BEGY！= end）{const bond_sptr bond =（* molptr）。 ...絆... ++を頼むものをしなさい。 Molles ... Romol :: Vertex_iter Atbegin、Atend; Romol :: Vertex_iter Atbegin; Mol。 Boost :: Tie（アトベジン、atend）= mol.getVertices（）; 一方（アトベジン！= Atend）{Atom_Sptr AT2 = Mol ; ... Atom ... ++アトベジンで何かをしてください。 }
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