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システム生物学ワークベンチ ランキングとまとめ
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- ライセンス:
- Freeware
- 価格:
- FREE
- 出版社名:
- The SBW Team
- 出版社のWebサイト:
- オペレーティングシステム:
- Mac OS X 10.5 or later
- ファイルサイズ:
- 92.2 MB
システム生物学ワークベンチ タグ
システム生物学ワークベンチ 説明
アプリケーション間の通信のためのフリー、オープンソースとシンプルなフレームワーク システム生物学ワークベンチ（SBW）は、多様なプログラミング言語で-written異種アプリケーション・コンポーネントを可能にし、高速バイナリエンコードされたメッセージシステムを介して互いの能力を伝え、使用するために、異なるプラットフォームの場合で動作するソフトウェア・フレームワークです。システム生物学ワークベンチの目標は、実装し、理解しやすい、シンプルで高性能、オープン・ソース・ソフトウェア・インフラストラクチャを作成することです。 SBWは、単純なネットワークプロトコルを介して通信するために（潜在的に別々の、分散コンピュータ上で実行されている）アプリケーションを可能にします。システムへのインタフェースは、我々はlanguages.SBWは、2つのコンポーネント、メッセージの送受信メッセージおよびモジュールをルーティングするためのブローカで構成され、異なるプログラミングを提供することは、クライアント側ライブラリにカプセル化されます。モジュールとブローカ間のすべての接続は、標準のTCP / IPソケットを経由しています。メッセージは、2台の異なるコンピュータ間で送信される必要があるperformance.Ifすべてのメッセージが最大のためにバイナリ形式で送信され、その後、メッセージが正しいリモートmodule.Modulesに、リモートマシン上のブローカーに最初にこのターン経路でメッセージを送信していますC / CやJava、PerlやPython、デルファイ、およびMatlab.NOTE、などの様々な言語で記述することができる：SBWは、BSDライセンスの下でリリースされています。このリリースの新機能： 保全分析： より優れたパフォーマンスと信頼性をもたらす・書き直し保全解析ツール、 CLAPACKモジュール： 優れたパフォーマンスと信頼性・書き直しのCLAPACKモジュール C＃インスペクタ： ・は、形式を使用して複素数を指定する複雑なアレイを入力可能にします： '（「+」「」） ・UIの例外ルーティングと最適化と改善 StructAnalysis UI： 無効なSBMLに対処するための・マイナー修正 ジャルナック： ・数字の固定範囲の取り扱い ・直接ジャルナックへの自動翻訳とエディタにSBMLのロードを許可します。 マトリックスからイースリーextact行にそれを作るために・を追加しましたスライス（マトリックス、lowerIndex、UpperIndex）機能。 ・追加されたタイムスライス（M、lowerTime、upperTime）関数は、これは新しい確率的シミュレーション機能をサポートするために加え、2つの時点間の確率的シミュレーションからデータを抽出することを可能にしました。データはgillXXXシミュレーション呼び出しのいずれかから生成されなければなりません。関数は、データの最初の列は時間変数であると仮定する。 ・SBWにGillDMモジュールを呼び出すために、新たな機能の数を追加しました。この許可証 ・絶対必要へのアクセスより速く、完全にテストされた確率的シミュレータを、新しいメソッドが含まれます：gillLoadSBML（sbmlstr）：例えばgillLoadSBML（p.xml）gillSimulate（のstartTime、endTimeは、periodSize）：セット期間は、すべてのデータgillSimulateOnGrid（のstartTimeを取得するために一つにつかみますendTimeのグリッド寸法）gillSimulateMeanOnGrid（のstartTime、endTimeは、グリッド寸法、populationSizeは）：グリッド上で動作するの人口をシミュレートし、平均軌道を返します。 gillSimulateMeanAndSDOnGrid（のstartTime、endTimeは、グリッド寸法、populationSize）：それはまた、それぞれの種のために時間をかけて標準偏差を返す以外は前のものと同じ。 setSeed（シード）：乱数シードを設定するには、実行を正確に繰り返すことができるようになります。 （シードは、整数値でなければなりません）。 ・SBWメニューにアクセスする際のバグを修正しました。 ・追加しましたPDF（M）機能。これは、関数に供給されたデータのベクトルの確率密度関数を計算します。 ・追加されgraphHist（M）これはグラフと同じであるが、代わりに、ヒストグラムではなく、線グラフをプロットします。
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