 | パルマ大規模なマージンアルゴリズムを用いたゲノムアライメントへのmRNA |
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パルマ ランキングとまとめ
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- ライセンス:
- GPL
- 価格:
- FREE
- 出版社名:
- Friedrich Miescher Laboratory
- 出版社のWebサイト:
- http://www.fml.tuebingen.mpg.de/fml
- オペレーティングシステム:
- Mac OS X
- ファイルサイズ:
- 4.4 MB
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パルマ 説明
大規模なマージンアルゴリズムを使用してゲノムアライメントするmRNA PALMAは、その根底にあるアルゴリズムと訓練されたパラメータに従って、2つのゲノムシーケンスを最適な方法で整列させます。 主なPythonスクリプトは、標的（例えば、DNA配列、ゲノムの一部）およびクエリ配列（例えば、cDNAまたはEST配列）を含む2つのFASTAファイルを取ります。 Palmaは動的プログラミングを使用してアライメントを作成します（C ++で書かれています）、PSLのようなPSLでアライメントを返します。 アルゴリズムは、最適なローカルアラインメントを計算するものであるため、位置合わせが見つからない場合は、整列が十分に高いアライメントスコアを取得していないためです。 要件： ・将軍 ・Python
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