DAWGPAWS BACサイズのコンティグのシーケンスアノテーションで分散アノテーションワーキンググループ（DAWG）をアシスト
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順序 注釈に 遺伝子 遺伝子注釈 遺伝子に注釈を付ける シーケンス注釈

DAWGPAWS 説明

BACサイズのコンティグのシーケンスアノテーションの分散注釈作業グループ（DAWG）を支援する DAWGPAWSは、アノテーションプログラムを実行するプロセスを自動化し、組み合わせた証拠注釈Curationを促進することによって、植物ゲノム内の遺伝子と転移要素の注釈を加速するPerlで書かれた一連のコマンドラインプログラムです。 BACS、それは小麦列番号（足）をアノイエットするためのパイプラインとして参照されている。これらのプログラムは最初に小麦のために設計されていますが、スクリプトはほぼ任意の真核生物の配列の注釈パイプラインに簡単に適用することができます。このスイートのスクリプトは、Gene AnnotationとTransposable Element Annotationの両方の計算結果の高スループット生成を容易にするように設計されています。既存のシーケンスアニトテーションプログラムの数。これらの結果は、個々の注釈プログラムのネイティブ出力から標準のGFFファイル形式に変換されます。 GFFファイルは単純なタブのテキストファイルであるため、CATなどの標準的なテキストマニンペリツールを使用して、単一のシーケンスに対する複数の計算結果を簡単に連結できます。猫とDAWGが一緒に遊ぶことができる証明。 DawGPAWSは、Apollo Genomeアノテーションキュレーションツールを視覚化し、計算結果の構築を促進するための追加のツールを提供します。 "Dawgpaws"の主な機能は次のとおりです。 ・アノテーションパイプラインのシーケンスを準備するためのFASTAファイル操作 ・シーケンスアセンブリにおけるギャップの注釈 ・高スループットパイプラインでAB INITIO遺伝子逆和と転送要素注釈プログラムの実行 ・クラスタコンピューティングフレームワークでの使用に適したブラストパイプライン ・アノテーションソフトウェアから共通のGFFファイル形式への出力の変換 ・GFFファイルのGame.xmlフォーマットへの変換 ・コマンドラインフラグを使用してすべてのコマンドラインプログラムでヘルプを利用できます。ヘルプ情報とフルマニュアルファイルはまだプログラムの開発中です ・個々のプログラムの手動ページは、DawgPaws Webサイトで入手でき、DawgPawsスイートのRelease-1.0ダウンロードを含みます。

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