| kegg2sbml コマンドラインユーティリティは、KEGG PathwayデータベースファイルをSBMLに変換できます。 |
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kegg2sbml 説明
コマンドラインユーティリティは、Kegg Pathwayデータベースファイルをsbmlに変換できます KEGG2SBMLは、KEGG(遺伝子およびゲノムの京都百科事典)経路データベースファイルをKEGGリガンドデータベースを使用してSBMLに変換することができる。 KEGG2SBMLの機能は現在、他のタイプのKEGGファイルのみではなく、KEGG Pathway Databaseリリース46.0以降を変換することはできません。 (Kegg Pathwayデータベースの過去のリリースはテストされておらず、kegg2sbmlによって変換されていない可能性があります。)kegg2sbmlは、CellDesignerとLevel 1とLevel 2(バージョン1)で使用されているアノテーションなしでSBMLレベル2バージョン2とレベル2バージョン3を生成できます。または注釈なしで注意:kegg2sbmlは、GNUライブラリまたはより低い一般公衆ライセンス(LGPL)の条項に基づいてライセンスおよび配布されています。このリリースの新機能: kegg経路の解析の変化: ・KEGG Pathway Databse Release 46.0以降を変換できます。 (kegg経路データベースの過去のリリースは、Kegg2SBMLバージョン1.5.0で変換されない可能性があります。) ・別のフォーマットファイル(* .coord)がサポートされています ・既存のフォーマットファイル(* .conf)もサポートされています。 -oオプションを使用してこのフォーマットを明示的に使用できます。 ・* .confファイルの代わりに* .confファイルがデフォルトで解析されます。 keggリガンドの解析の変化: ・Lignadデータベースファイルを解析する代わりに、ファイルをキャッシュファイルに格納し、これらのキャッシュファイルを読み取ることで、パフォーマンスの向上(LignAd Ligandデータベースへの約10倍高速) SBMLの作成の変更 ・SBMLレベル2バージョン2とレベル2バージョン3がサポートされています。 (現在、CellDesignerアノテーションタグはこれらのSBMLレベル/バージョンではサポートされていません。) 追加オプション: ・ '-R':同じディレクトリ内にあるバイナリキャッシュファイルを読み込む代わりに、リガンドデータベースファイルを解析します。 (デフォルト:キャッシュファイルの読み取り(* .BIN)) ・ '-O':引数としてディレクトリ名が指定されている場合は、* .conordファイルの代わりに* .confファイルを設定します。 (デフォルト:解析* .coordファイル) ・KGMLはこのリリースから使用されなくなりました。 ・その他のマイナーな改善と修正。
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