l l 携帯用大規模原子/分子超並列シミュレータ
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ポータブル大規模原子/分子超並列シミュレータ ランズは古典的な分子動力学（MD）コードです。その名前が示すように、それは並列マシンでうまく動作するように設計されていますが、それはまたシングルプロセッサのデスクトップマシンでも問題ありません.LAMBPSは非常にポータブルです。 C ++コンパイラを使用している任意のプラットフォームに構築する必要があります。 GNU G ++コンパイラまたはコマーシャルコンパイラは大丈夫です。 LAMMPは、Mac OS X、UNIXまたはLinuxバリアントを実行するいくつかの並列マシン用に構築されています。これは、柔らかい材料（生体分子、ポリマー）および固体材料（金属、半導体）および粗粒系の可能性がある。それは、メソスケールまたは連続体レベルの並列粒子シミュレータとして、原子またはより一般的に、より一般的に、より一般的には、メッセージ通過技術およびシミュレーションドメインの空間分解を使用して並行して実行される。このコードは、新しい機能を備えた変更や拡張が容易になるように設計されています。これが「Lammps」の主な機能です。 ・単一のプロセッサまたは並列に実行されます ・分散メモリメッセージ通過並列処理（MPI） ・並列主義のためのシミュレーションドメインの空間分解 ・オープンソース配信 ・可搬型C ++ ・必要なオプションのライブラリ：MPIとシングルプロセッサFFT ・並行して、1つまたは複数のシミュレーションを同時に実行します ・新機能と機能性と簡単に拡張できます ・原子、ポリマー、分子、金属、粒状粒子、粗粒状粒子、楕円体、点 - 双極子、またはこれらのハイブリッドの組み合わせ ・ペアワイズの可能性：Lennard-Jones、Buckingham、Morse、Yukawa、Soft、Class 2（コンパス）、集計 ・帯電ペアワイズ電位：クーロン、ポイントダイポール ・多くの人物の可能性：EAM、Finnis / Sinclair EAM、修正されたIEM（ムーム）、Stillinger-Weber、Tersoff、Ai-Rebo ・粗粒穀物の可能性：粒状、DPD、Gayberne、コロイド ・ボンドポテンシャル：高調波、フェン、モールス、非線形、クラス2、四分の一（破損可能） ・角度電位：高調波、チャーム、コサイン、コサイン/二乗、クラス2（コンパス） ・二面電位：高調波、チャーム、マルチハーモニック、ヘリックス、クラス2（コンパス）、OPLS ・不適切なポテンシャル：高調波、CVFF、クラス2（コンパス） ・ハイブリッドポテンシャル：1つのシミュレーションでは、複数のペア、結合、角度、二面体、不適切な電位を使用できます。 ・オーバーレイの可能性：複数のペア電位の重ね合わせ ・ポリマー電位：全原子、統合原子、ビーズスプリング、破損可能 ・水のポテンシャル：TIP3P、TIP4P、SPC ・暗黙の溶媒電位：流体力学的潤滑、デビエ ・長距離クーロンと分散：EWALD、PPPM（パーティクルメッシュEWALDと同様）、長距離Lennard-JonesのEWALD / N ・Charmm、琥珀色、OPLSフォースフィールドの互換性 ・2Dまたは3Dシステム ・直交または非直交（三斜系対称性）シミュレーションドメイン ・定数NVE、NVT、NPT、NPHインテグレータ ・原子のグループと幾何学的領域のためのサーモスタットオプション ・ノーズ/フーバーバロスタットを介した圧力制御13次元 ・シミュレーションボックスの変形（引張とせん断） ・高調波（傘）制約部 ・独立した剛体統合 ・シェイクボンドと角度の制約 ・さまざまな種類の壁 ・ターゲット分子動力学（TMD）の制約 ・非平衡分子動力学（NEMD） ・さまざまな追加の境界条件と制約 ・Velocity-Verlet Integrator ・ブラウンダイナミクス ・共役勾配緩和によるエネルギー最小化 ・RRESPA階層タイムスプッピン ・並列焼戻し（レプリカ交換） ・複数の独立したシミュレーションを同時に実行します ・Thermododynanmic情報のログファイル ・原子座標、速度、その他原子ごとの数量のテキストダンプファイル ・バイナリ再起動ファイル ・原子ごとの量（エネルギー、応力、中心対称パラメータなど） ・ユーザー定義のシステム全体（ログファイル）またはATOMごとの（ダンプファイル）計算 ・原子ごとの量の空間的および時間平均化 ・システム全体の時間平均化 ・ネイティブ、XYZ、XTC、DCDフォーマットのAtomスナップショット このリリースの新機能： ・LAMMPS（C ++版）の新リリース。 138,720 SRCの行の行は、すべてのパッケージを含むすべてのパッケージを使用して（ライブラリソースファイルなし）。 ・重要：以下のコマンドの構文が変更されました.Pair_Style Gran / Hooke、Pair_style Gran / Hoke / History、Pair_Style Gran / Hertz / History、Special_bonds。 dump customコマンドのキーワード「タグ」は "ID"に変更されました。 FIX AVE / SPATIALコマンドのレイヤー厚さを指定するためのデフォルトは、ボックス単位から格子単位に変更されています。

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