matrixgen スコアリングマトリックスを生成するのに役立つフリーおよびオープンソースのBioInformaticsアプリケーション
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matrixgen 説明

スコアリング行列を生成するのに役立つフリーおよびオープンソースのBioInformaticsアプリケーション matrixgenは、整列したアミノ酸とDNAデータセットの分析からスコアリングマトリックスを生成するために使用されるバイオインフォマティクスアプリケーションです。次いで、これらの行列をクラスタによって使用してより正確な整列を生成することができる。タンパク質の類似性および整列性タンパク質を決定するための多くのアルゴリズムがある。これを行うための多くのプログラムもあります。 matrixgenはアライメントプログラムではありません。しかしながら、それは、アラインメントプログラムと相互運用されて、より正確な位置合わせを提供する。タンパク質を1つのアミノ酸から次のアミノ酸への移行の可能性をスコアするために、タンパク質を重み付けされたマトリックスに依存する方法。最上位スコアとの位置合わせは、最も正しい位置合わせを判断する。これらの加重マトリックスは、進化的な状況における特定のアミノ酸の突然変異の確率を決定することができるように、以前に配向されたタンパク質のセットを容易に分析することによって生成される。このマトリックスは、最も一般的にはODDS（LOD）マトリックスの対数として提示される。 LODマトリックスの各要素は、確率の比率の対数です。具体的には、検討された確率は、一対のアミノ酸の予想される可能性にわたる一対のアミノ酸の確率が観察された可能性である..Matrixgenは、HenikoffおよびHenikoffによって記載されているようなこれらの確率を計算する。 matrixgenは、この同じ紙によって説明されているようにブロッククラスタリングをしません。 MatrixGenの背後にある考えは、非常に類似のタンパク質のデータセットを使用して整列しているタンパク質のために特異的な行列を作成することです。 matrixgenはまた距離行列を生成し、あなたのデータセットに関する他の役に立つ統計を与えます。

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