mm 生体分子系に焦点を当てた分子シミュレーションのためのライブラリー
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シミュレートする シミュレータ モデラー 分子シミュレーション Mallecule Modeller. シミュレート分子

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生体分子系に焦点を当てた分子シミュレーションのためのライブラリー 分子モデリングツールキット（MMTK）は、分子シミュレーションアプリケーション用の無料およびオープンソースプログラムライブラリです。準備完了の標準的な実装を提供することに加えて、MMTKは、分子シミュレーションにおける標準的および非標準的な問題に対処するように簡単に拡張および修正されることができるコードベースとして機能します.MMTKの最も一般的な使用パターンは標準シミュレーションおよびモデリングアプリケーションにMMTK関数を使用するPythonスクリプトを作成します。これは、スクリプト言語（すなわち、CharmmまたはGromos）を備えた他のシミュレーションパッケージを使用することと似ていますが、他の場所からの有用なPythonモジュールにアクセスすることを可能にするための追加の利点があります。例のセクションでは、そのようなスクリプトがどのように見えるかを示します。たとえば、特定の力フィールド用語または特定のシミュレーションまたは分析アルゴリズムを追加する。そのドメイン内のMMTKの競争はあまりありません。・そのような内部的なものについて知る必要がないユーザーには、MMTKを内部的に使用するPythonでアプリケーションプログラムを作成します。これらのプログラムは、使いやすいグラフィカルインタフェース（例えば、DomainFinderとNmoldynを参照）を提供するか、Webサービスに統合されています（例えば、webnm @を参照）。 MMTKは、高レベルのオブジェクト指向の汎用プログラミング言語であるPythonおよびその周辺で開発されています。実際、MMTKはPythonモジュールの集まり以下で構成されています。そのほとんどはPython自体で書かれています。モジュールPythonは、迅速なコードの開発とテストを可能にしますが、タイムクリティカルな計算に対処するための非常に便利なCインターフェイスを提供しながら、MMTKは分子システムのオブジェクト指向モデルに基づいています。システムは、MMTKの化学データベースで定義されている原子、分子、および複合体で構成されています。例えば、分子は原子の観点から定義され、Force Field Parameteritはこれらのオブジェクトの特殊なバージョンを導入することが可能です。例えば、MMTKは、基本的に化学的錯体であるタンパク質の特別なサポートを有していますが、Peptidideチェーン、残基、Sidechains etc.com fortranで書かれた標準的なモデリングコードに扱われ、MMTKははるかに簡単で、拡張、変更。例えば、既存のコード、すなわちそれを破壊する危険性なしに、新しい力フィールドを追加することができ、そして力のある積分器の実装についての仮定を伴わずに新しい積分器を開発することができる。 MMTKユーザーは、他のアプリケーション、科学的またはその他の方法で開発されたPythonコードの大規模なコレクションから利益を得ることができます。ここに「MMTK」のいくつかの重要な機能があります。 ・タンパク質および核酸を特に支持した分子系の構築 ・無限系または周期的境界条件（斜方晶質細胞） ・座標に対する一般的な幾何学的操作 ・剛体フィット ・外部PDBおよびVRMLビューアを使用した視覚化。ダイナミクス軌跡と通常モードのアニメーション ・静電相互作用を取り扱うためのいくつかの選択肢がある琥珀94力のフィールド ・タンパク質上の高速法線モード計算のための変形力場 ・エネルギー最小化（最も急な降下勾配勾配） ・分子動力学（オプションのサーモスタット、バロスタット、距離の制約付き） ・通常モード解析 ・軌道操作 ・ポイントチャージフィット ・分子表面計算 ・他のプログラムへのインタフェース 要件： ・ScientificPython ・Python

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