 | メタシムこのアプリケーションを使用して合成読み取りコレクションを生成します。 |
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メタシム ランキングとまとめ
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メタシム 説明
Metasimは、一般的なメタゲノームデータセットの多様な分類組成を反映する合成読み取りのコレクションを生成するのに役立つように特別に設計された便利なツールです。 与えられたゲノムのデータベースに基づいて、プログラムは、さまざまなレベルのNCBI分類法で存在するゲノムの数を指定し、次に複数の異なるシーケンス技術のシミュレーションを使用してメタゲノームからの読み取りを収集することによって、ユーザーはメタゲノームを設計することができます。 。 人口サンプラーは、任意選択で、供給源ゲノムおよび所与の進化的木に基づいて進化した配列を生成する。結果のデータ・セットは、シーケンスプロジェクトを計画するための標準化されたテストシナリオ、またはベンチマークアセンブラーおよびメタゲノミック・ソフトウェアに使用できます。 主な特徴： ソースゲノムシーケンスのデータベースを統合する は、適応可能なシーケンスエラーモデル（例えば、サンガー化学、Rocheの454およびイルミナ（旧SOLEXA）のための合成読み取りまたは伴体対のセットを生成する。 を使用すると、特定の分類組成のモデル化に各生物の存在値を設定できます は、ソースゲノムと与えられた進化的な木に基づいて進化したシーケンスを生成するための集団サンプラーを提供します はグラフィカルユーザーインターフェイスまたはコマンドラインモードで制御できます
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