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メルチム 説明
Meltsimは、遺伝子からゲノムへの溶融（変性）曲線（微分プロファイル）およびDNAのマップを計算するための統計的機械的プログラムである。モデルはループエントロピーが追加された一次元ISING格子です。 元のアルゴリズムは、ポーランドとシェラガとポーランドのそれであり、定義の合計によるループエントロピーのフィックスマンとフリレ近似があります。ポーランドのオリジナルアルゴリズムのパラメータは、Blake and Delcourtによって評価され、観察され計算されたTM、振幅、幅、および平衡状態で得られた遷移の領域の間にほぼ定量的な一致を提供した。 プログラムは、重要な情報と操作を確認できるログファイルに操作の結果を格納します。 主な特徴： 入力（シーケンス）ファイルには特別な形式が必要です。ベースは大文字および/または小文字であり、ラインブレークは必要ありません。ただし、文字A、C、G、Tのみがベースとしてカウントされます。 コンパイルと呼ばれるヘルパーアプリケーションでは、GenBankフォーマットファイル内の特定のシーケンス位置は、Windows用Meltsim 1.0で変換して読み取ることができます。 入力ファイルの最初の行にポンド記号（＃）で始まるテキストが含まれている場合、タイトルはグラフの上部に自動的に追加されます。 塩基は通常100,000bpのブロックで読み込まれ、D（θ/ dtの最初の微分は温度で、温度で、温度で）対T値を平均して読み取る。融解マップファイルは、非常に最後のブロックのためにデータを与えます。 Windows用MeltSim 1.0は、入力ファイル内のアスタリスク（*）でマークされたブロックでメルトを指示することができます。スタート位置と停止場所を与えることで、シーケンスの一部を読むこともできます。 ファイル名のアスタリスクのワイルドカード（*）を使用して、複数の入力ファイルを順番に入力できます。自動印刷機能を使用すると、Windows用のMeltSim 1.0は任意の数のファイルで作業することができます。 出力ファイルは、融解曲線座標（Tの関数としてDθ/ dt）の生成です。 別の出力ファイルは、融解マップ座標（Tとθがベース位置の関数としてのTとTHETA、調整可能なサイズのドメインで平均化されています）の作成です。 以前のメルトは、Windows用のMeltSim 1.0、およびXY座標ファイルが比較または参照に使用したい場合があります。 TM値は、統合機能を使用して任意の曲線で計算できます。 TMの値は、ラインとともにグラフ上のTMに表示されます。 曲線と融解マップをさまざまな方法で表示することができ、ウィンドウに印刷されたときにグラフがどのように見えるかが表示されます。
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