 | gedi-admx.混合集団の遺伝子型誤差検出と代入 |
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gedi-admx. ランキングとまとめ
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gedi-admx. タグ
gedi-admx. 説明
gedi-admxは、無関係の個人からの遺伝子型データを処理するように構築されたアプリケーションです。 地域の祖先推論は、祖先ハプロタイプ上で訓練された因子HMMを使用して、可能なそれぞれの地元の祖先の下のすべての型付きSNP遺伝子座で遺伝子型をIMPUTEする。 GEDI-ADMXは、関心のある軌跡を中心とした複数のSNPウィンドウに基づく重み付け投票方式を使用して評価された、最高の祖先精度をもたらす地域の祖先を各遺伝子座に割り当てます。 タイプされたSNPにおける欠けている遺伝子型の誤差検出と想定は行われます。 推論された地域の祖先に対応する階乗HMMに基づいて計算されたマルチローカス遺伝子型確率。 各解除されたSNPにおける遺伝子型の想定は、帰属した軌跡の前後の同様の因子HMMスパンk（デフォルトのk = 10）型SNPを使用して計算された後方の遺伝子型確率に基づいて行われる。 gedi-admxパッケージには、次のメソッドがあります。 ・地元の祖先推論 ・SNPジェノタイプエラー検出と修正 ・入力されたSNPでの欠けている遺伝子型の納品 ・非タイプSNPにおける遺伝子型の納品。
gedi-admx. 関連ソフトウェア
