モデルテスト

ヌクレオチド置換の最良適合モデルを選択するためのツール
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モデルテスト ランキングとまとめ

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  • Rating:
  • ライセンス:
  • GPL
  • 出版社名:
  • David Posada
  • オペレーティングシステム:
  • Windows All
  • ファイルサイズ:
  • 901 KB

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モデルテスト 説明

ModelTestは、結果を生成するために階層型仮説テストを使用してDNA置換モデルの違いを決定する際に遺伝子エンジニアにサービスを提供するために開発された高度で信頼性の高いソフトウェアです。 コマンドラインインターフェース アプリケーションはかなり複雑です。初心者のために。 それにもかかわらず、ModelTestはインストールを必要としませんので、ユーザーが実行可能ファイルをコマンドプロンプトの開いているインスタンスにドロップしてEnterキーを押すだけで十分です。これにより、利用可能なコマンドの簡単な説明とともにプログラムの機能が表示されます。 機能と実行パラメータ ModelTestは、Paup *によって生成されたファイルと、評価されたモデルのパラメータ推定値とともに生のログスコアを含むファイルと同様に、Paup *によって生成されたファイルを処理することを目的としています。 反対側の端では、ユーティリティは、実行された確率比テストとそれらの対応するP値、次に解釈され、適切なモデルが割り当てられた情報の説明を生成します。 サポートされているモデルは、JC(jukes and Cantor)、TRNEF(等しい基本周波数を持つTamura-Nei)、TIM(Transital Model)、GTR(General Time Rebersible)、F81(Felsenstein)、および数百万というコマンドラインインタフェースに記載されています。 。 同時に、ユーザーは理解して採用しやすくするために、メインウィンドウに例示されている特定の関数のセットを使って作業できます。そのため、ユーザーはデバッグレベル(-D)、アルファレベル(-A)、TAXA(-T)の数、LRT計算モード(-L)をアクティブ化し、平均化(-W)の信頼区間を決定できます。またはすべての将来の操作(-b)のAICではなくBICを使用してください。 適切な置換モデルを決定するための包括的な器具 結論として、ModelTestは遺伝学の分野で働く専門家向けに開発された効率的なアプリケーションであり、彼らにDNA置換モデルを比較する手段を提供し、それによってユーザーが彼らのデータを最もよく適合させるのを助ける。


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