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jmodeltest. ランキングとまとめ
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jmodeltest. 説明
JModelTestは、データの大規模パケットをサポートすることで、DNA分析に有用なヌクレオチド置換の選択を実行できる科学的応用です。 それは学生、教師、そしてDNA分野の研究者をターゲットにするオープンソースのクロスプラットフォームプロジェクトです。分析のほとんどは自動的に行われますが、主に結果の解釈には、ユーザーから高度なヌクレオチドの知識が予想されます。 JMoDeltestは、正常に実行されるようにJavaランタイム環境に依存していますが、それが提供する必要がある唯一の依存関係です。ポータブルパッケージ内に包まれているので、インストールは不要です。 JMoDeltestのインターフェースはかなり簡単ですが、内部に埋め込まれた機能はより複雑な性質です。 GUIのほとんどは、ソースファイル内に含まれる情報に応じて、このプロセスから生じるデータとレポートの分析専用です。 5つの異なる選択戦略があり、これらは次のように分析メニューの内側に埋め込まれています.AIC（Akaike Information Critention）、BIC（Bayesian Information Criterion）、DT（Decision Theory）、HLRT（階層尤度比テスト）および系統発生平均化。 これらすべてを実際の分析プロセスの前に設定できます。たとえば、信頼区間を調整するか、アプリケーションを設定してモデル平均化を実行できます。それを上位にするには、カスタマイズ可能なレートの変動と事前に選択されたベースツリーモデルに依存する尤度スコア計算をするようにプログラムに指示することもできます。 結論として、JModeltestは時間と努力主義者が伝統的な手段によるDNA分析操作の実行に投資することになるでしょう。ただし、場合によっては、結果が徹底的に検証されることをお勧めします。 Andrea Mateiによってレビューされ、2014年8月17日に最終更新日
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