ヴロプロット タンパク質構造の幾何学的特徴の分析のためのツール
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ヴロプロット 説明

三次元（3D）タンパク質構造の幾何学的特徴を分析し視覚化する能力は、タンパク質の折り畳み、残留充填、ドッキング、タンパク質 - タンパク質相互作用などの研究に基本的なものである。高度な幾何学的データ構造のいくつかはそれを実行することを可能にするいくつかの高度な幾何学的データ構造包括的な方法での分析 この目標を念頭に置いて、タンパク質構造の幾何学的特徴の分析のための対話型ツールであるボロプロットを開発しました。特に、他の類似のソフトウェアパッケージには含まれていない幾何学的方法のいくつかを提供することにしました。 Voroprotは、アポロニウス図（球のボロノイ図とも呼ばれる）と、タンパク質原子のアポロニウスグラフ（球体のデラネイ三角形とも呼ばれます）、各原子を考慮して、ファンデルワールス半径の3D球であることを考慮しています。 Voroprotは、タンパク質原子を由来し、表面と溶媒のアクセス可能な表面をアポロニウス図から派生させ、それらの可視化を可能にします。さらに、タンパク質構造の内側のキャビティを見つけて表示することができる。 voroprotでアポロニウス図を構築するために、我々は、タンパク質原子だけでなく、3Dの任意のセットまたは球についても適用することができる独自のアルゴリズムの実施を使用した。 voroprot aを与える能力を完全に評価しよう！

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