サムメイト

このアプリケーションでSAMファイルを処理します。
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サムメイト ランキングとまとめ

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  • Rating:
  • ライセンス:
  • GPL
  • 出版社名:
  • Guorong Xu
  • ファイルサイズ:
  • 40 MB

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サムメイト 説明

Sammateは、RNA-SEQデータ分析のいくつかの標準的な手順を自動化するために、SAMファイルを高速処理するために特別に設計された便利な、使いやすいツールです。標準またはカスタマイズされた注釈ファイルを使用して、Sammateを使用すると、ユーザーはゲノム間隔で短い読み取りカバレッジを正確に計算できます。特に、RNA - SEQデータの場合、サムメイズは、エクソンとエキソン - エクソン接合の両方から発生した短い読み取りを使用することによって、カスタマイズされたゲノム間隔についての遺伝子発現存在スコアを正確に計算します。 Sammateはまた速く基本的な解像度で全ゲノム信号マップを計算します。これは、バイオインフォマティクス問題の配列を解くための必要な入力です。 Sammateは、UCSC GenomeブラウザでのアライメントビジュアライゼーションのためにWiggleファイルをエクスポートし、アライメント統計レポート。 Sammateは、シングルエンドおよびペアエンドシークエンシングテクノロジの両方と互換性があります。 主な特徴: RNA-SEQデータを用いたゲノム特徴存在スコアを計算する ピーク検出用信号マップの生成 ビジュアライゼーションのためのWiggleファイルの生成 アライメントレポートの生成 遺伝子注釈ファイルをカスタマイズする 出力ファイルでの染色体名をカスタマイズする


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