 | サンダー8の職務管理Sander-8用のジョブ制御ファイルの作成 |
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サンダー8の職務管理 説明
サンダーはエネルギー最小化、分子動力学、およびNMRの改良を行う琥珀色のモジュールです。 頭字語はNMR由来のエネルギー拘束でシミュレートされたアニーリングを表しますが、このモジュールはNMRの精密化とは関係ない様々なシミュレーションに使用されます。 Sanderは、その一般的な最小化とダイナミクスパラメータを制御するためにネームリストを使用します。 NAMELISTはリスト指示入力、およびデフォルト値の便利な指定を提供します。 Sander 8ジョブコントロールは、Sander-8用の入力ジョブ制御ファイルの作成を容易にするために書かれたJavaプログラムです。 直感的なコントロールを使用して、サンダー実行用のジョブ制御変数を設定します。 多くの場合、変数の名前の代わりに変数の説明を使用します。 たとえば、変数nstlimの場合、「MDステップ（NSTLIM）の数」を使用します。
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