 | ハカピー広く使用されている統計検定を行うコンピュータプログラム |
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ハカピー 説明
HKAは、Hudson、RR、M.KreitmanおよびM. Aguadeによって開発された自然選択のための広く使用されている統計的検査を実行するコンピュータプログラムであるように開発された（1987年ヌクレオチドデータに基づく中性分子進化の試験。遺伝学116： 153-159）。 このプログラムは非常に多数の遺伝子座とサンプルサイズを処理し、そしてコンロ校のシミュレーションと従来のCHI二乗近似によってテストを行うことができます。シミュレーションは、但馬のD統計（1989）のテストとFUとLI（1993）のD統計を含む、自然選択の他のテストを実行するためにも使用できます。 合理的 HKA試験は、分子進化の中性モデルの中性モデルの最も基本的な予測に基づいており、種の中のDNA配列多型、そして種間のDNA配列の発散は中性突然変異率に比例する（木村、1968,1969）。 この基本的な期待によると、その多型は有効な人口の大きさにも依存し、その発散もスペシエーションからの時間によって異なります。 2つの種から収集されたデータを検討し、複数の遺伝子座から、種のすべての遺伝子座が同じ効果的な人口の大きさを共有すると予想しており、各遺伝子座は種に関係なく、特徴的な中性突然変異率を持つことを期待しています。 （その長さと選択的制約のレベルに応じて） したがって、我々は、偶発性表の形で多型および発散鋳造に関するデータを考慮することができる（図1）。また、予想される値の類似テーブルを構築することもできます。それぞれは、データに適合する基本モデルパラメータの関数です。 これらのパラメータは次のとおりです。 T - 種が発散してからの時間 F - 2種以上の母集団サイズの比率。 THETA_I = 4N1 U_I - 種1の軌跡Iの集団突然変異率、N1 - 種1およびU_Iの有効集団サイズは軌跡Iにおける中性突然変異率である。 遺伝子座ごとに1つのシータパラメータがあります。
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