 | プロトモル分子動力学シミュレーションのためのフレームワーク。 |
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プロトモル 説明
プロトモールは、分子動力学（MD）シミュレーションのために特別に設計された、特別に設計された有用なオブジェクト指向コンポーネントベースのフレームワークです。 このフレームワークはCharmm 19と28 A 2の力フィールドをサポートし、PDB、PSF、XYZ、およびDCDの軌跡ファイルを処理することができます。それは、柔軟性、簡単な柔軟性と保守、そして並列化を含む高性能要求のために設計されています。 長期効率を向上させるために複数のタイムステッピングの技術が使用されます。 EWALD、パーティクルメッシュEWALD（PME）、およびマルチグリッド（MG）加算のような高速静電力評価アルゴリズムの使用は、性能をさらに高める。モリー、Langevin Mollyおよびハイブリッドモンテカルロ、ノーズホーバー、およびLangevin Integratorを使用して、より長い時間段階が可能です。 主な特徴： 分子動力学シミュレーションのためのオブジェクト指向コンポーネントベースのフレームワーク 高柔軟性、柔軟性、保守、高性能要求のために設計されています 逐次並列化順次環境と並列環境 一般的な複数のタイムステッピング統合スキームのサポート ジェネリックな力と電位 高速静電力評価アルゴリズム： EWALDの合計、O（N3 / 2） パーティクルメッシュ-EWALD、O（n log n） マルチグリッド法、O（N） 一般的なI / Oフォーマットのサポート（前後） 106パーティクルシステム
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