 | 比例して定量的ショットガンプロテオミクス分析が簡単になりました。 |
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比例して 説明
Prorataは、定量的なショットガンプロテオミクスのデータ処理と分析を自動化するように設計された単純なアプリケーションです。定量的ショットガンプロテオミクスは、参照細胞におけるそれらの存在量に対する治療細胞中のタンパク質の存在量を推定しようとする。そのような実験では、参照細胞は、代謝標識、酵素標識、または化学的標識によって安定な同位体で標識され、そして治療細胞と等価な量で混合される。 タンパク質分解後、サンプルを多次元液体クロマトグラムタンデム質量分析で分析する。獲得したタンデム質量スペクトルは、タンパク質分解ペプチドのアミノ酸配列および翻訳後修飾を同定するために使用される。 Prolataはペプチドの識別結果と質量スペクトルデータを入力として取ります。この時点で、 Prorataは、MZXML形式の識別結果および質量スペクトルデータとしてプログラムDTaselectからの出力を受け入れるだけです。 Prolataは、タンパク質存在比率とその信頼区間を推定するためのすべてのステップを実行します。これらの工程には、選択されたイオンクロマトグラムの抽出、クロマトグラフィーピークの検出、ペプチド存在比の推定、およびタンパク質存在比の推定。これらの各ステップからの結果は、Prorata Graphical User Interfaceを通じて手動で検証できます。
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