 | 生産者候補タンパク質構造アラインメント用のPDBファイルの検索 |
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生産者 説明
プロテインレーダーとしても知られているProdarは、候補構造アラインメントのためにPDBを照会する検索ツールとして構築されています。 検索への入力は、標準（テキスト）PDBファイルから読み出されたプロテインバックボーン構造であり、返される結果は、シーケンス情報に関してはバックボーンの構造的類似性だけに基づいています。 Prodarは、チェーンの相対的なサイズにかかわらず、クエリ構造の比較的小さい部分がPDB内の他の構造のセクションと照合され得るように、部分的な一致を識別します。 その意図は、ツールが自動的に共通のドメインとモチーフを異なるタンパク質構造に識別することです。 これらは、RMSDを見つけるために異なるツールで構造的に整列させることができます（Prodarはただ提案をする）。
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