弾薬

モダンなフル機能の分子力学
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弾薬 ランキングとまとめ

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  • Rating:
  • ライセンス:
  • GPL
  • 出版社名:
  • Robert Harrison
  • オペレーティングシステム:
  • Windows All
  • ファイルサイズ:
  • 648 KB

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弾薬 説明

AMMPアプリケーションは、現代のフル機能の分子力学、ダイナミクスおよびモデリングプログラムであるように開発されました。それは、タンパク質、核酸および他のポリマーを含む小分子および高分子の両方を操作することができる。 長距離電位と堅牢な構造的オプティマイザの計算におけるすべての原子を含める高速マルチポール法と同様に、標準的な特徴に加えて、分子を操作し、個人を分析するための柔軟な潜在的な選択肢と単純な柔軟な能力があります。エネルギー用語 他の多くのプログラムにわたる1つの大きな利点の1つは、非標準的なポリマー結合、異常なリガンドまたは非標準的な残基を導入することが容易であるということです。多くのプログラムにとって困難な部分構造を完了すると、AMMPでは簡単です。 AMMPは独自の言語のみを理解しています。既存の座標ファイルをAMMP言語にコンパイルして読んでください。プログラムプリアンプ（Prewin）はこれをします。 PreamMPはそれ自体で実行することも、AMMP95のメニューから呼び出されることもできます。 PreamPPには複数の入力が必要です。 Windowsファイルの選択メニューを使用して、それらのそれぞれに求められます。あなたが好きではない場合は、ウィンドウをキャンセルしてPrewin Manウィンドウにファイル名を入力してください（これは説明するよりも簡単です！）。スクラッチから座標を生成するときなど、ファイルがない場合は、Windowsファイルの選択メニューをキャンセルしてからメインウィンドウの戻りを入力する必要があります。 PreamPPは一度に1つの残差のみが機能します。あなたはポリマー中にIntermonmerリンケージを供給する必要があります。 PEPLINK.AMP（タンパク質用）およびNDICK.AMPなどのスクリプト（標準DNA / RNAリンケージ）が供給されます。これらは二量体のテンプレートを生成し、適切な用語を抽出することによって生成された。自動スクリプト内の原子と潜在力を操作する方法を確認するのにも良い場所です。 新しい分子を作成するには、最初にテンプレートを定義する必要があります。それからあなたはPreamPPを実行します。 PreamPPが座標セットを要求すると、ファイル名を入力しないでください。既存の分子の場合とは異なり、PREAMMPは自動的に座標からの分子の種類を調べることはできません。そのため、分子名を入力するように求められます。これはPDBフォーマットに適合するために3文字に制限されています。 （それについて申し訳ありませんが、それはそれがどのようになっているかです）。


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