SEQ-Gen. ヌクレオチドまたはアミノ酸配列の進化をシミュレートする
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SEQ-Gen. 説明

配列遺伝子は、置換プロセスの一般的なモデルを用いて、系統発生術に沿ったヌクレオチドまたはアミノ酸配列の進化をシミュレートするプログラムであるように開発された。 一般的な可逆モデルを含む、分子進化の一連のモデルが実施されている。モデルの状態周波数および他のパラメータを与えてもよく、部位固有の速度の不均一性も多くの方法で組み込まれてもよい。任意の数のツリーが読み込まれ、プログラムは各ツリーに任意の数のデータセットを生成します。 したがって、大きな複製シミュレーションを簡単に作成できます。それは、分子配列進化の一般的に使用されている（そして計算的に扱いやすい）モデルの大部分を組み込んだ汎用シミュレータであるように設計されています。 seq-genは、ANSI Cで書かれたコマンドライン制御プログラムです。本稿では、UNIXマシン上のSEQ GENの使用について説明します。アプリケーションは、各シミュレートされたシーケンスデータセットのサイズに比例した量のメモリを必要とします。 SEQ-Gen を実行する seq-genを実行するには： SEQ-GEN <> はプログラムのパラメータ（後述）で、はツリーファイルであり、はシミュレートされたシーケンスを含むファイルの名前です。ツリーファイルには、Phylip形式の1つ以上のツリーを含める必要があります。 SEQ-GENによって作成されたシーケンスは標準出力に書き込まれます（そしてこのように> ）を使用して出力ファイルにリダイレクトされます。その他の情報と結果は標準エラーに書き込まれ、したがって画面に表示されます。

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