 | SSADNA配列から最尤系統を推定するためのプログラム |
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SSA 説明
SSAは、DNA配列から最尤系統発生を推定するためのプログラムであるように開発された。 プログラムの2つのバージョンが利用可能です：1つは分子クロックとこの仮定をしないものを想定しています。 MLツリーの木のスペースを検索する方法は、シミュレートアニーリング型アルゴリズムに基づいており、上記の参照に記載されている。 このプログラムは、ヌクレオチド置換と関連するサブモデルのFelsensteinのF84モデルを実装しています。 このプログラムは、MLツリーと分岐長を推定し、任意選択で転写/変換比を推定することができます。 終了すると、プログラムは検索中に見つかった最高尤度のkの木を返します。ここで、kはユーザーによって設定できます。
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